U anaerobni organizmi su potpuno suprotna organizama aerobik, oni ne koriste diatomski kisik za rast, metabolizam i diferencijacije, tih rad s različitim spoju, dajući mjesto za subklasifikacije ako mikroorganizama rad s kemijskim spojem naziva piruvat, kaže njegov Metabolizam je fermentacijski (koriste fermentaciju), s druge strane, to je druga tvar koja nije piruvat ako kaže da je to organizam koji prakticira anaerobno disanje.
Fermentacija se sastoji od dobivanja kemijske energije iz kataboličkog procesa i nedovršene ili nepotpune oksidacije organskog spoja, prema konačnom proizvodu može se svrstati u alkoholnu fermentaciju jer stvara etanol, mliječna fermentacija stvara mliječnu kiselinu, maslačna fermentacija, između ostalog; sa svoje strane, anaerobna disanja sastoje se od transportnog lanca za elektrone koji je obično sličan onome kod aerobnog disanja, ali umjesto konačnog akceptora je kisik, u ovom slučaju to bi bio bilo koji spoj anorganske prirode.
Baš kao što postoje aerobne bakterije, postoje i anaerobne bakterije koje mogu živjeti bez kisika, neke od njih nalaze se unutar ljudskog tijela na mjestima gdje kisik nije prisutan, na primjer u debelom crijevu gdje djeluju kao truležne bakterije. Fekalne tvari, prema otpornosti na kisik, mogu se klasificirati kao: obvezne anaerobne bakterije, one ne mogu rasti u područjima gdje je kisik prisutan, jer je štetan i može prouzročiti njegovo uništavanje, aerotolerantne bakterije nikada neće koristiti kisik za svoje metaboličke procese ali mogu živjeti u kisikovim okruženjima, fakultativnim anaerobimaoni mogu koristiti kisik kao konačni akceptor elektrona, ali ako su u sredinama u kojima nema kisika, koriste put fermentacije.
