Arheje su skupina jednoćelijskih mikroorganizama koji poput bakterija imaju prokariontsku morfologiju, odnosno nemaju jezgru ili unutarnje opnene organele, ali se u osnovi razlikuju od njih, na način da integriraju vlastiti okoliš. Arheje ne trebaju sunčevu svjetlost za proces fotosinteze, kao što je slučaj s biljkama, niti kisik.
Većina arheja ima staničnu stijenku koja se sastoji od bjelančevina koje čine krutu skupinu koja pokriva vanjski sloj stanice, stvarajući zaštitnu mrežu koja kemijski i fizički utječe na stanicu.
Važno je naglasiti da je analiza tih mikroorganizama u svojim počecima bila povezana s analizom bakterija, međutim počele su se promatrati njihove jedinstvene karakteristike, koje ne moraju nužno odgovarati istim karakteristikama bakterija i drugih prokariontskih organizama.
Ovaj je izraz grčkog podrijetla i znači "prastaro", jer to ima drevnu molekularnu mašineriju koja je sačuvana bez značajnijih promjena u odnosu na bilo koju drugu obitelj mikroorganizama.
Ti mikrobi uglavnom žive u ekstremnim okruženjima, zbog čega se nazivaju ekstremofilima. Iako postoje i drugi koji prežive u uobičajenim razinama slanosti i temperaturama, a možda postoje i oni koji žive u crijevima živih bića.
Termofilne arheje su one koje žive u ekstremno vrućim okruženjima, dok one koje nastanjuju super slane sredine nazivaju hipersalinskim, one imaju sposobnost živjeti u ekstremnim okruženjima u kojima drugi organizmi ne mogu živjeti.
Arheje se mogu slobodno naći u prirodi: u izvorima, u tlu itd.
