U znanstvenom području metilen plavo je poznato kao metiltionin klorid, boja je koja se koristi kao boja za pigmentiranje nekih dijelova čovjekova tijela, prije ili za vrijeme operacije. Liječnici ga u osnovi koriste kao antiseptik i unutarnje sredstvo za spajanje.
Također se koristi kao boja u mrljama za promatranja provedena mikroskopom i za bojanje rezultata u laboratorijima, jer ima sposobnost bojenja urina i izmeta. Konačno, koristi se i u liječenju za smanjenje methemoglobina. Među svojim karakteristikama je da je element sastavljen od kristala, od svijetlo tamno zelene boje, ona nema mirisa i ne mijenjati zrak.
Može se lako otopiti u vodi i razborito u alkoholu, a kada dođe u kontakt s njima, boja mu prelazi u tamno plavu, koristi se i za borbu protiv gljivica na noktima, može se koristiti i za bojanje bijele odjeće, kada počinje dobivati žućkastu boju.
U akvakulturi se široko koristi za liječenje infekcija u tropskim ribama, vrlo je učinkovit u borbi protiv protozojskog parazita, koji uzrokuje infekcije u riba. U osnovi se koristi za brigu o jajima koja su ribe nedavno položile, tako da ih ne zaraze nikakve bakterije ili gljivice, vrlo je korisno ako želite umjetno inkubirati jaja. Ljudi mogu kupiti metilen plavo bez recepta, općenito se koristi kao lokalni antiseptik.
