Katakombe su nastale u odnosu na rimske katakombe, ime izvorno dato drevnom groblju smještenom nedaleko od Apijskog puta. Groblju des Innocents (u blizini Saint-Eustache, u Les Halles područje) je bio u upotrebi već gotovo deset stoljeća i postao izvor od infekcije za domaće stanovništvo. Nakon brojnih prigovora, Državno vijeće odlučilo je 9. studenog 1785. zabraniti daljnju upotrebu groblja nevinih i ukloniti njegov sadržaj.
Otpušteni kamenolomi odabrani su za primanje ostataka; grad Pariz je upravo završio opću pregled kamenoloma za jačanje javne ceste potkopava njih. Građevinski radovi izvedeni su u kamenolomu „Tombe-Issoire“, koristeći velike količine kamena, ojačavajući galerije i dovršavajući iskopavanje stubišta, okruženo jamom u koju su se mogle baciti kosti.
Prijenos ostataka mogao je započeti nakon blagoslova i posvećenja mjesta 7. travnja 1786., a nastavio se do 1788., uvijek u sumrak i nakon ceremonije u kojoj je procesija svećenika u surplicama pjevala službu mrtvih. na cesti kočijama natovarenim kostima, koje su bile prekrivene crnim velom. Tada su, sve do 1814. godine, nalazišta dobila ostatke svih groblja u Parizu.
Postojali su i drugi razlozi koji su doveli do izbora podzemnih iskopa. U kršćane, osjećaj zajedništva je živio s velikom silom: oni htjeli biti zajedno u „ san o smrti ”.
Prema rimskom zakonu, pokop pokojnika unutar gradskih zidina bio je zabranjen, sve su se katakombe nalazile uz velike konzularne ceste i, općenito, u predgrađima toga doba.
Pariške katakombe ponovno su otvorene 14. lipnja 2005., nakon višemjesečnog zatvaranja za izgradnju. Osvjetljenje je prilagođeno, svodovi ojačani, a koštani zidovi postavljeni.
