Ovaj pojam ima različite koncepte, a svaki će ovisiti o znanstvenoj specijalnosti u kojoj se primjenjuje. Primjerice, u biologiji je epigeneza stara teorija o mehanizmu kojim se razvijaju ljudska bića, odnosno embrion evoluira polazeći od zigote koja još nije prepoznata, što pokazuje nepostojanje minijaturnih elemenata, organa koji su već prisutni u spolnim ćelijama.
Ova teorija proturječi teoriji preformacije, koja kaže da evolucija embrija predstavlja rast organizma koji je već bio stvoren. Međutim , prema epigenezi, organi koji čine zametak nastaju niotkuda, podražajima izvedenim iz okoline.
Ova teorija interpretira konačni mehanizam ugađanja, pomoću kojeg je svako biće na učinkovit način povezano sa svojim okolišem, polazeći od kapaciteta uključenih u njegovo genetsko kodiranje. Budući da su geni uglavnom dio pomalo komplicirane mreže interakcija koje održavaju povratne informacije. I stoga, oni ne nastavljaju samostalno.
Kroz povijest je uvijek bilo rasprave koja epigenetsku teoriju suočava s preformacijom. Međutim, preformacionizmu dolazi kraj, isti trenutak kad je tehnologija uspjela pokazati epigenetsko podrijetlo organa. Treba dodati da je ova rasprava bila jedna od najistaknutijih ikada viđenih, održana je tijekom 19. stoljeća.
Sada, u području mineralogije, izraz epigenesis se koristi da se odnosi na modifikaciju kemijske prirode nekog minerala, bez potrebe da se mijenja njegovu strukturu.
