Hipokampus se nalazi u medijalnom sljepoočnom režnju mozga, ispod površine korteksa. Njegova je struktura podijeljena u dvije polovice koje se nalaze na lijevoj i desnoj strani mozga. Orgulje su zakrivljene u oblik koji nalikuje morskom konju, a ime mu je izvedeno iz sprege grčkih riječi "nilski konj" za konja i "kampos" za more.
Na hipokampus se prvi put osvrnuo venecijanski anatom Julio César Aranzi 1587. godine. Opisao ga je kao greben uz pod sljepoočnog roga bočne klijetke i usporedio ga je prvo sa svilenicom, a kasnije s morskim konjem. 1740-ih pariški kirurg René-Jacques Croissant de Garengeot skovao je izraz "cornu Ammonis", što znači rog Amuna, drevnog egipatskog boga.
Hipokampus se brine za dugoročno stvaranje memorije i svemirsku navigaciju. Kod bolesti poput Alzheimerove bolesti, hipokampus je jedno od prvih područja mozga koje se ošteti, a to dovodi do gubitka pamćenja i dezorijentacije povezane s tim stanjem.
Hipokampus se može oštetiti uslijed nedostatka kisika ili hipoksije, infekcije ili upale ili kao rezultat epilepsije sljepoočnog režnja. Pojedinci s oštećenjem hipokampusa razvijaju amneziju i možda neće moći stvoriti nova sjećanja na vrijeme ili mjesto događaja, na primjer.
Kod Alzheimerove bolesti (i drugih oblika demencije) hipokampus je jedno od prvih područja mozga koje je oštećeno; Kratkoročni gubitak pamćenja i dezorijentacija među prvim su simptomima. Oštećenje hipokampusa može biti i zbog gladi kisikom (hipoksija), encefalitisa ili epilepsije medijalnog sljepoočnog režnja. Osobe s velikim bilateralnim oštećenjem hipokampusa mogu doživjeti anterogradnu amneziju (nemogućnost stvaranja i zadržavanja novih uspomena).
Budući da su različite vrste neuronskih stanica uredno slojevite u hipokampusu, često se koristi kao model sustava za proučavanje neurofiziologije. Oblik neuronske plastičnosti poznat kao dugotrajno potenciranje (LTP) prvi je put otkriven u hipokampusu i često je proučavan u ovoj strukturi. Široko se vjeruje da je LTP jedan od glavnih neuronskih mehanizama pomoću kojih se uspomene pohranjuju u mozak.
