Pojam vjerska netrpeljivost odnosi se na oblik netrpeljivosti prema vjerskim uvjerenjima ili običajima ili, u nedostatku toga, na nedostatak takvih običaja koje posjeduje neka osoba ili skupina. To može biti uzrokovano nekoliko čimbenika, među kojima se može spomenuti činjenica da imaju različita vjerska uvjerenja, da imaju drugačiju ideologiju, kao i jednostavna činjenica da imaju protuvjerski osjećaj. Ovakav stav čak može dovesti do agresijefizički, verbalni, psihološki, između ostalih. Jasan primjer ove vrste netrpeljivosti u vjerskim progonima koja se danas doživljava u raznim dijelovima svijeta. Glavni uzrok postojanja ove vrste stavova društva uglavnom je odsustvo vjerske tolerancije, slobode vjere i pluralizma što se tiče religije.
Važno je napomenuti da ne postoji jedan uzrok koji objašnjava vjersku netrpeljivost, no moguće je govoriti o vrlo generaliziranom argumentu među onima koji prakticiraju jednu religiju, a netolerantni su prema drugima. Ovaj je argument vrlo jednostavan: općenito svi smatraju da je njihova religija istinita, zbog toga je normalno da proturječe onima koji brane lažne doktrine, sa svoje točke gledišta.
Ovo je fenomen star koliko i pravilno porijeklo religije. U davna vremena kada su prvi kršćani izvršavali svoje obrede, morali su se skrivati u katakombama, jer rimska vlast u to doba nije tolerirala takva vjerovanja. Od davnina je židovski narod bio žrtva progona u mnogim trenucima svoje povijesti, a glavni motiv za ovaj progon bilo je upravo neprijateljstvo prema običajima i vjerovanjima koja održava.
S druge strane, s vjerskom vizijom pretkolumbovskih naroda kršćani su se borili kad su stigli na američki kontinent. Čak i unutar samog kršćanstva bilo je slučajeva netrpeljivosti prema drugim kršćanskim naukama, koje su klasificirane kao hereze ili odstupanja od autentične vjere. Svi ovi spomenuti slučajevi znak su da je odbacivanje i netrpeljivost vjerovanja drugih konstanta koja se događala od pamtivijeka i traje do danas.
