Riječ molekula umanjenica je od latinske riječi "moles" što znači masa, pa molekula znači "mala masa". Molekula je sindikat ili skup od dva ili više atoma, koji mogu biti isti ili različiti, ako su ti atomi odvojeni bi promijeniti svojstva materije.
Molekula stabilna i električki neutralni sustav koji se sastoji od niza dva ili više atoma povezanih kemijskim vezama, koje se nazivaju kovalentne veze. Ti atomi mogu biti isti kao u slučaju vodika (H2) i kisika (O2), koji su dijatonske molekule, ili ih mogu oblikovati različiti atomi, kao što je slučaj s vodom (H2O), koja se sastoji od dva atoma vodika i jedan od kisika i metana (CH4), u čijoj su molekuli četiri atoma vodika povezana s jednim ugljikom.
Molekula smatra najmanji dio koji se može dobiti od materije, tako da se može sačuvati svoja kemijska svojstva. Glavni razlog nastanka molekula je taj što postoje atomi koji teže postići minimalni energetski uvjet, a da bi to postigli, to čini kovalentnim vezama s ostalim atomima koji imaju isto stanje, a ta se veza ne može lako otopiti., i tada se rađa molekula.
U tvari molekule koje ih čine nisu statične, već se, naprotiv, neprestano kreću, što se naziva molekularnim vibracijama, a to zauzvrat može biti savijanje ili napetost.
